Трансформации объекта выглядят неправильно (например после отключения объекта от нуля)

Скорее всего проблема в претрансформации. Если нажать средней кнопкой мыши на Obj-ноде, можно увидеть графу Pre-transform. Если она не пустая, то вытащить претрансформы обратно в параметры ноды через Modify Pre-Transform — Extract Pre-Transform.