Дело в атрибутах и их значениях по умолчанию. Если в одной из веток, приходящих на ноду Merge есть атрибут N, а на второй его нет, то он добавится на вторую геометрию со значением по умолчанию. Это касается всех атрибутов.
Решение: добавить нужный атрибут во вторую ветку.