Shop — это старый контекст для создания шейдеров. В нем один шейдер отвечает за один объект. Смешивать материалы можно, но сложно.
Mat — новый контекст для работы с шейдерами. В нем можно назначать практически любую ноду в качестве материала. То есть одним нетворком можно зашейдить сразу много объектов, при этом разные шейдеры могут друг на друга влиять, их можно смешивать и так далее.
Проще говоря, работайте с Mat, не ошибетесь.
Единственное, если вы делаете шейдеры под Redshift, то в Shop будет работать немного удобнее, потому что в списке остаются только RS-совместимые ноды.