Эта проблема часто возникает, когда частицы создаются на импортированных моделях. Дело в том, что при создании частиц на геометрии, с нее импортируются атрибуты, в том числе shop_materialpath, отвечающий за материал. А при наличии на точках атрибута shop_materialpath, Гудини считает, что их нужно рендерить как спрайты. Но самих спрайтов нет, поэтому и появляются черные квадраты.
Помимо атрибута shop_materialpath за наличие спрайтов также отвечают атрибуты spriteuv, spritescale, spriteshop, которые создаются нодой POP sprite. При наличии хотя бы одного из них будут также отображаться спрайты.
Можно удалить атрибуты спрайтов нодой Attribute delete или же просто выключить их отображение во вьюпорте. Настройки (клавиша D над вьюпортом), вкладка Geometry, галка Display Sprites.