Ассет не сохраняется в проекте как Embedded.

В Embedded сохраняются только ассеты, которые реально есть в сцене. Если вы подготовили ассет, но в сцене нет ни одного его инстанса, то он сотрется из проекта. Поэтому с Embedded-ассетами нужно работать очень аккуратно, можно потерять всю работу.